Nasceu em 23 de dezembro de 1790, em Desterro, atual Florianópolis – Santa Catarina. Filho de José Joaquim dos Santos e Gertrudes Maria do Nascimento.
Formado em Medicina no ano de 1816 pela Academia Médico-Cirúrgica do Rio de Janeiro (atual Faculdade de Medicina da Universidade Federal do Rio de Janeiro – UFRJ), foi o primeiro Cirurgião do Hospital Militar da Guarnição da Corte, reinado de D. Pedro I, nomeado em 20 de novembro de 1829.
Membro Titular e Fundador da Sociedade de Medicina do Rio de Janeiro, depois Academia Imperial de Medicina, e, hoje, Academia Nacional de Medicina, Christovão José dos Santos foi empossado e considerado um dos Membros Natos em sessão de 30 de junho de 1829, e a presidiu no 3º e 4º trimestres de 1830.
Participou da Comissão de Salubridade Geral da Sociedade de Medicina do Rio de Janeiro, em 1830, juntamente com José Martins da Cruz Jobim e Joaquim José da Silva, que denunciou os maus tratos, a falta de um tratamento físico e moral condizentes, de um médico especialista, de enfermeiros competentes e, sobretudo, de condições higiênicas adequadas ao tratamento de alienados mentais reclusos nas enfermarias da Santa Casa da Misericórdia. A partir destas constatações passaram a reivindicar a implantação de um projeto de medicalização da loucura no Brasil e a criação de um hospício na cidade do Rio de Janeiro.
Faleceu em 21 de outubro de 1868.